Какво представлява Protein Data Bank (PDB) файл? Как да го отворите и видите в Windows 11?

Файлът с банка данни за протеини (PDB) е файлов формат, използван за съхраняване на триизмерни биологични данни. PDB файловете обикновено се използват за съхраняване на данни за протеини, нуклеинови киселини и други биомолекули. PDB файловете могат да се разглеждат по различни начини, включително чрез софтуер като PyMOL и VMD. В Windows 11 можете да отворите PDB файл, като отидете на File Explorer, щракнете върху раздела View и след това изберете опцията за показване на скрити файлове и папки. След като направите това, трябва да можете да намерите PDB файла, който искате да видите. PDB файловете са важен инструмент за учените, работещи с биомолекули, тъй като позволяват визуализация и анализ на данни в три измерения. Следователно разбирането как да отваряте и преглеждате PDB файлове е важно умение за всеки, който работи в областта на биоинформатиката или изчислителната биология.

Protein Data Bank (PDB) файлове са триизмерни молекулярни файлове, които съхраняват молекулярни структури. Сега, ако се чудите как да отворите такива файлове на компютър, тази публикация ще ви заинтересува. Тук ще обсъдим подробно PDB файловете и как да преглеждате такива файлове в Windows 11/10. Така че, без повече шум, нека го проверим!

Какво представлява Protein Data Bank (PDB) файл?

Банка данни за протеини (PDB) е база данни от 3D структурни данни за протеини, нуклеинови киселини и други големи молекули. Файл от БВП Разширението на файла е основно файл, съдържащ данни, свързани със структурата на 3D биологична молекула. Данните включват атомни координати, атомни структури, атомна свързаност, протеинова структура, структура на нуклеинова киселина и др. Той също така съдържа експериментални метаданни.

Този файлов формат се използва широко в биоинформатиката за обмен на координати на протеини. Той съдържа хиляди редове, описващи структурата на протеина. Сега, ако искате да четете или разглеждате PDB файлове на компютър с Windows, трябва да използвате специален инструмент на трета страна, тъй като няма собствено приложение за това. В тази публикация ще обсъдим различни начини за преглед на PDB файл в Windows 11/10.

Как да видите файла на Protein Data Bank (PDB) в Windows 11?

Има два начина за преглед на файла Protein Data Bank (PDB) в Windows 11/10, а именно:

1. Използвайте безплатен софтуер за преглед на PDB файлове.
2. Опитайте безплатен онлайн инструмент за четене на PDB файлове.

1] Използвайте безплатен софтуер за преглед на PDB файлове.

Можете да използвате софтуер на Windows на трети страни, който ви позволява да отваряте и преглеждате PDB файлове. Има няколко безплатни настолни приложения за Windows, които можете да опитате. Ето някои добри, които можете да използвате:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Кумол
• Молекула
• RasMol

A] IKmol

IQmol е безплатен молекулярен редактор и софтуер за визуализация с отворен код за Windows 11/10. Използвайки го, можете да преглеждате PDB, както и различни други 3D молекулни файлове като MOL, SMI, CUBE, XYZ и др. В този софтуер можете да намерите всички важни инструменти за молекулярна визуализация. Тези инструменти варират от основни до разширени. В допълнение към прегледа на PDB файла, можете също да редактирате молекулярната структура.

Тя ви позволява да отваряте множество PDB файлове едновременно и да ги преглеждате всички едновременно. В панела за изглед на модел можете да активирате или деактивирате изобразяването на един или повече PDB файлове.

Основните характеристики на IQmol:

Функциите на тази безплатна програма за преглед на PDB файлове с отворен код, които можете да разгледате, са:

• Можете да намерите всички стандартни инструменти за сърфиране на файлове, включително увеличаване/намаляване (с колелце на мишката), панорамиране, завъртане, цял екран, нулиране на изгледа, показване на оси и т.н.
• Позволява ви да персонализирате външния вид на модела чрез редактиране на параметри като шейдър, околна светлина, дифузия, сила на мъгла, светли точки, интензитет на шума, параметри на POV-Ray и др.
• Можете също така да добавите атомни етикети като маса на атома, частичен заряд, NMR, плътност на въртене и т.н.
• Това ви позволява да персонализирате настройките на камерата по ваш вкус. Можете да регулирате проекцията на камерата, позицията и т.н.
• имат удобен Автоматично завъртане функция, която ви позволява автоматично да завъртите молекулярния модел.
• Можете да запишете текущото представяне на протеиновата структура във формат на изображение като PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS и др.
• Той също така ви позволява да конвертирате PDB в други молекулни файлове, като използвате функцията „Запазване като“. Поддържани изходни формати: XYZ, MOL, MOL2, CML и др.
• Можете също да го използвате Изчисляване функции за изчисляване енергия на молекулната структура, сили, PES сканиране, преходно състояние, химични смени, геометрия, енергия на разлагане, BSSE корекция, и така нататък.

В допълнение към функциите за преглед получавате специално меню за изграждане с набор от функции за молекулярно изграждане. Тези функции включват добавяне на нови атоми, вмъкване на нови молекули, минимизиране на структурата, настройка на изотопи и др.

Това е наистина добър софтуер за молекулярно моделиране, с който можете да визуализирате файловете на Protein Data Bank на вашия компютър. Ако ви харесва, изтеглете оттук .

Вижте: Chem4Word е добавка за химия за Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer е специален безплатен преглед на PDB файлове за Windows 11/10. Тя ви позволява да визуализирате и анализирате няколко протеинови структури едновременно. Можете да анализирате протеиновата структура, структурата на ДНК и т.н., съдържащи се в PDB файла. Освен PDB файла, той също ви позволява да отваряте и преглеждате MOL и MMCIF файлове.

Когато отворите PDB файл, на интерфейса се показва 3D изглед заедно с прозорец на контролния панел. Контролният панел съдържа обща информация, списък и заглавие на файла. Можете лесно да местите структурата, да я завъртате, да увеличавате/намалявате и т.н.

Освен това ви позволява да показвате или скривате точковата повърхност, основата, водородните връзки, векторите на силата и други според вашите предпочитания. Можете също така да маркирате различни части с различни цветови схеми, за да анализирате по-добре структурата. Освен това можете да използвате функции за показване като Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels и други.

В допълнение към инструментите за визуализация получавате и много функции за молекулярно моделиране. В допълнение, той включва и изчисление на енергия, изчисляване на Н-връзка, анализ на домейн, откриване на домейн, създаване на 3D мотив, изграждане на кристалографска симетрия и други инструменти.

Можете да го изтеглите от Официален сайт .

Прочети: Най-добрият безплатен софтуер за анализ на захранването за Windows 11/10.

C] QMol

Кумол е друга безплатна програма за преглед на PDB за Windows 11/10. Това е инструмент за визуализация на макромолекулна структура, с който можете да преглеждате PDB файлове. Други файлове, които можете да отваряте и разглеждате в него са DX, MAP, MTZ, CNS и др.

Позволява ви да превключвате между перспективни и ортографични изгледи, да завъртате модела, да увеличавате/намалявате и т.н. Можете да изобразите модела с помощта на POV-Ray и неговите методи за изобразяване на анимация. Изобразената структура може да бъде запазена във формат PNG. Наличен е и инструмент за измерване, който ви позволява да измервате разстояние, ъгъл и усукване в модела.

Можете също така да намерите някои допълнителни инструменти за по-нататъшен анализ на протеиновата структура. Тези инструменти включват Молекулярна суперпозиция, рязане на Mol повърхност, генериране на Mol повърхност, редактор на Mol връзки, анализ на взаимодействието, анимация на Mol морф, и така нататък.

Това е добър софтуер за визуализиране и анализиране на протеиновата структура, присъстваща в PDB файловете.

Вижте: .LIT опция # Как да конвертирате LIT в EPUB или MOBI на Windows?

winword.exe системна грешка офис 2016

D] Молекули

Следващият софтуер за преглед на PDB в този списък е Molekel. Това е доста стар, но мощен софтуер за молекулярна визуализация, който ви позволява да отваряте и преглеждате PDB файлове. Можете да намерите много инструменти за молекулярна визуализация и анализ, които ви позволяват да анализирате протеинови структури.

Позволява ви да персонализирате дисплея на молекули, атоми, връзки, остатъци и т.н. Можете да изберете различни типове дисплей за всеки от тях, като топка и стик, CPK, полусфера, SoSphere, пълна сфера, цилиндър, SoCylinder, полуцилиндр, Wire, Stick, Linear Tape и т.н. Освен това можете да регулирате свойствата на 3D изгледа, да показвате/скривате ограничителни полета, да използвате шейдъри и т.н. Позволява ви да преглеждате PDB файла, като променяте електронната плътност на повърхността на структурата и добавяне на повърхност, достъпна за разтворител, към структурата.

можете да намерите Анимация функция в него за възпроизвеждане на анимацията на структурата на молекулата. Освен това има специално меню „Анализ“ с подходящи инструменти. С помощта на инструментите за анализ можете да определите данни от мрежата, ротационна плътност, молекулярен електростатичен потенциал, емисионен спектър, разстояние, ъгъл и други за структура.

Той също така ви позволява да конвертирате PDB файлове в различни файлови формати. Тези формати включват PDF, PS, EPS и Image. Ако ви харесва можете да го получите Тук .

Прочети: Complete Anatomy App е достойно изтегляне за Windows. .

E] Расмол

Можете също да използвате RasMol за преглед на PDB файлове в Windows 11/10. Това е безплатен софтуер с отворен код, който ви позволява да визуализирате и анализирате молекулярни структури. Той също така поддържа отваряне и преглед на други файлове като MOL, XYZ, CIF, MOPAC и др.

Позволява ви да видите структурата като рамка, основа, пръчки, панделки, нишки и т.н. Можете също така да подчертавате различни части на структурата с различни цветове. Той също така ви позволява да показвате или скривате водородни атоми, хетероатоми, сенки, етикети и т.н. според вашите предпочитания. Можете също да измервате разстояние, усукване, ъгъл и други стойности в структура.

Този софтуер е наличен Тук .

Вижте: Най-добрият безплатен софтуер за 3D човешка анатомия за Windows.

2] Опитайте безплатен онлайн инструмент за четене на PDB файлове.

Можете също да използвате безплатен онлайн инструмент за отваряне и преглед на PDB файлове. Всичко, което трябва да направите, е да отворите уебсайта в уеб браузър и да изтеглите PDB файла, за да го видите. Ето някои добри безплатни онлайн програми за преглед на PDB, които можете да опитате:

• RCSB PDB
• Молсофт

A] RCSB PDB

устройството се използва в момента

Можете да използвате този безплатен онлайн инструмент, наречен RCSB PDB, за да визуализирате файловете на Protein Data Bank. Тя ви позволява да импортирате PDB файл и след това да визуализирате и анализирате неговата молекулярна структура.

Можете да намерите някои основни функции за визуализация като мащабиране, завъртане, превключване на разширен изглед на порт, нулиране на камерата, превключване на режим на избор и т.н. Също така ви позволява да коригирате някои настройки или опции за управление като режим на камерата (перспектива или ортографичен), цвят на фона, на /изкл. деактивиране на оклузия, активиране/деактивиране на мъгла, изрязване, местоположение и др.

Идва с Анимирайте функция. Използвайки това, можете автоматично да завъртите протеиновата структура. С това можете да регулирате скоростта и ъгъла на въртене. Получавате и посветен Измерване инструмент в него. Използвайки този инструмент, можете да откриете множество стойности като разстояние, ориентация, ъгъл и други.

В допълнение към тези функции са налични няколко други удобни инструмента: търсене на структурни мотиви, добавяне на компоненти, експорт на анимация, експорт на геометрия (STL, OBJ и др.) и експорт на модел.

Като цяло, това е наистина добър безплатен онлайн PDB преглед със страхотен набор от инструменти за визуализация. Можете да опитате Тук .

B] Molsoft

Molsoft е друг онлайн инструмент, който може да се използва за визуализиране на PDB структури. Това е проста програма за преглед на PDB файлове с основни функции. Първо го отворете Уеб сайт и щракнете върху опцията на менюто с три ленти. След това изберете опцията „Отваряне“, за да импортирате локално запазен PDB файл или да качите файл от вашия Google Drive. Когато изберете файл, той ще ви покаже молекулярната структура във визуализатора.

Можете да използвате различни режими на изглед, за да визуализирате структурата. Тези изгледи включват телена рамка, креатин фосфокиназа (CPK), топка и прът, лента и др. Можете лесно да превключвате между тези режими на изглед, за да отговарят на вашите изисквания. Освен това ви позволява да активирате или деактивирате етикети на атоми, етикети на остатъци, водородни връзки и сайтове за по-добро разбиране на структурата.

Той също така предоставя инструменти за измерване. Можете да измервате разстояние, плосък ъгъл и ъгъл на усукване в модела. Освен това е налична удобна функция Color by, която ви позволява да оцветите структурата по тип атом, верига, подравняване, вторична структура и т.н.

Това е друг добър онлайн преглед на PDB файлове, който можете да изпробвате безплатно.

Как да изтегля PDB файл от Protein Data Bank?

За да изтеглите PDB файл от Protein Data Bank, можете да посетите уебсайта на Protein Data Bank, да въведете и потърсите името на протеина или макромолекулата, като човешки хемоглобин, хитиназа и т.н. След това изберете файла от резултатите от търсенето и използвайте опцията за изтегляне, за да изтеглите PDB файла. Толкова просто.

Как да видите структурите на PDB?

Молекулярните структури на PDB могат да се видят с помощта на специален онлайн инструмент или софтуерно приложение. Можете да изпробвате безплатен софтуер като IQmol, Swiss-PdbViewer и CueMol, за да визуализирате и анализирате PDB структури на вашия компютър. Ако предпочитате да използвате онлайн инструмент, има много опции. Например опитайте уеб услуги като RCSB PDB и Molsoft. Това са безплатни онлайн програми за преглед на PDB файлове, които предоставят усъвършенствани инструменти за молекулярна визуализация и анализ.

Как да конвертирате PDB файл в PDF?

За да конвертирате PDB файл в PDF, можете да използвате това безплатно настолно приложение, наречено Molekel. Той предоставя специална опция „Запазване в PDF“, която ви позволява да конвертирате PDB файла в PDF формат. Можете да отворите PDB файла и след това да щракнете върху „Файл“ > „Запазване в PDF“, за да конвертирате PDB в PDF. Обсъдихме този софтуер подробно в тази публикация, вижте го по-горе.

Това е всичко.

Сега прочетете: Най-добрият безплатен софтуер за молекулярно моделиране за Windows.